Kedudukan Kejaksaan Tinggi D.I. Yogyakarta adalah Kejaksaan di Ibukota Propinsi D.I. Yogyakarta dengan daerah hukum meliputi wilayah  D.I. Yogyakarta. Kepala Kejaksaan Tinggi D.I. Yogyakarta dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh seorang Wakil Kepala Kejaksaan Tinggi dan dibantu oleh beberapa orang unsur pembantu pimpinan dan unsur pelaksana.

Kejaksaan Tinggi D.I. Yogyakarta mempunyai tugas melaksanakan tugas dan wewenang serta fungsi Kejaksaan di daerah hukum Kejaksaan Tinggi D.I. Yogyakarta sesuai dengan peraturan Perundang-undangan dan kebijaksanaan yang ditetapkan oleh Jaksa Agung. Untuk menyelenggarakan tugas tersebut di atas, Kejaksaan Tinggi menyelenggarakan fungsi berdasarkan Pasal 491 dari Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 38 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kejaksaan Republik Indonesia. Peraturan Jaksa Agung Republik Indonesia Nomor: PER-009/A/JA/01/2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kejaksaan Republik Indonesia. Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 492, Kejaksaan Tinggi D.I. Yogyakarta menyelenggarakan fungsi:

 

1. Perumusan kebijaksanaan pelaksanaan dan kebijaksanaan teknis, pemberian bimbingan dan pembinaan serta pemberian perijinan sesuai dengan bidang tugasnya berdasarkan peraturan perundang-undangan dan kebijaksanaan yang ditetapkan oleh Jaksa Agung;
2. Penyelenggaraan dan pelaksanaan pembangunan sarana dan prasarana, pembinaan manajemen, administrasi, organisasi dan ketatalaksanaan serta pengelolaan atas milik negara yang menjadi tanggung jawabnya;
3. Pelaksanaan penegakan hukum baik preventif maupun represif yang berintikan keadilan di bidang Pidana;
4. Pelaksanaan pemberian bantuan di bidang intelijen Yustisial, di bidang ketertiban dan ketentraman umum, pemberian bantuan, pertimbangan, pelayanan dan penegakan hukum di bidang perdata dan tata usaha negara serta tindakan hukum dan tugas lain, untuk menjamin kepastian hukum, menegakkan kewibawaan pemerintah dan penyelamatan kekayaan negara, berdasarkan peraturan perundang-undangan dan kebijaksanaan yang ditetapkan oleh Jaksa Agung;
5. Penempatan seorang tersangka atau terdakwa di rumah sakit atau tempat perawatan jiwa atau tempat lain yang layak berdasarkan penetapan Hakim karena tidak mampu berdiri sendiri atau disebabkan hal-hal yang dapat membahayakan orang lain, lingkungan atau dirinya sendiri;
6. Pemberian pertimbangan Hukum kepada lembaga negara, Instansi Pemerintah, BUMN, BUMD dalam penyusunan peraturan Perundang-undangan serta meningkatkan kesadaran hukum Masyarakat;
7. Koordinasi, pemberian bimbingan dan petunjuk teknis serta pengawasan, baik didalam maupun dengan instansi terkait atas pelaksanaan tugas dan fungsinya berdasarkan peraturan Perundang-undangan dan kebijaksanaan yang ditetapkan oleh Jaksa Agung.
8. Melaksanakan pengelolaan data dan statistik kriminal serta penerapan dan pengembangan teknologi informasi di lingkungan Kejaksaan Tinggi.